La historia del Santuario Shinkoku se remonta al reinado del emperador Yuryaku (finales del siglo V), cuando Mononobe no Omuraji consagró a su antepasado Nigihayahinomikoto. Después de eso, la familia Monobe no Karakuni no Muraji protegió el Santuario Shinkuni, y pasó a llamarse " Santuario Karakuni." Durante el período Muromachi, Motokuni Hatakeyama, el guardián de Kawachi, donó 200 koku y consagró al dios Kasuga del Santuario Kasuga Taisha en Nara. Más tarde, durante la era de Oda Nobunaga, el santuario fue destruido por fuego militar, y en 1908 (Meiji 41), también se consagró el cercano Santuario de Nagano. Por lo tanto, las tres deidades consagradas son Nigihayahinomikoto, el fundador del clan Mononobe, Amenokoyane-no-mikoto, el dios de Kasuga, y Susano-no-mikoto. El largo acceso al santuario está cubierto de árboles y ha sido seleccionado como uno de los "100 mejores verdes" de la prefectura.